La Secretaria General de l’Autoritat forma part de l’estructura de la direcció de l’Autoritat. Li correspon la coordinació de les àrees de recursos humans, contractació i gestió econòmica, règim interior, transparència i atenció ciutadana. Concretament, les funcions que té atribuïdes són la gestió dels mitjans personals i materials adscrits, la gestió economicoadministrativa del pressupost de l’Autoritat, el control de l’inventari de béns i drets del patrimoni de la institució, l’elaboració de la memòria anual, l’organització de conferències, seminaris i altres activitats sobre protecció de dades personals, i la gestió els sistemes d’informació de l’Autoritat.
Ester Obach Medrano és la secretària general de l’Autoritat.