Correspon a la Secretaria General l'exercici de les funcions següents:
a) Gestionar els mitjans personals i materials adscrits a l'Autoritat.
b) Dur a terme la gestió economicoadministrativa del pressupost de l'Autoritat.
c) Controlar l'inventari de béns i drets que s'integren en el patrimoni de l'Autoritat.
d) Constituir i actualitzar un fons documental en matèria de protecció de dades personals.
e) Elaborar la memòria anual.
f) Organitzar conferències, seminaris i altres activitats sobre protecció de dades personals.
g) Gestionar els sistemes d'informació mecanitzats de l'Autoritat.
La Sra. Ester Obach Medrano és la secretària general de l'Autoritat.