La Secretaría General de la Autoridad forma parte de la estructura de la dirección de la Autoridad. Le corresponde la coordinación de las áreas de recursos humanos, contratación y gestión económica, régimen interior, transparencia y atención ciudadana. Concretamente, las funciones que tiene atribuidas son la gestión de los medios personales y materiales adscritos, la gestión económico-administrativa del presupuesto de la Autoridad, el control del inventario de bienes y derechos del patrimonio de la institución, la elaboración de la memoria anual, la organización de conferencias, seminarios y otras actividades sobre protección de datos personales, y la gestión de los sistemas de información de la Autoridad.
Ester Obach Medrano es la secretaria general de la Autoridad.